Dem Referat Hygiene obliegt die Überwachung der Qualität von Trink- und Badewasser, die Probeentnahme von Trink- und Badewasser sowie die Überwachung der Wasserqualität von Hausbrunnen. Weitere Aufgaben sind die Überwachung der Einhaltung von Hygienevorschriften in Kliniken, Arztpraxen, Alten- und Pflegeheimen, Frei- und Hallenbädern, Saunen, Gemeinschaftseinrichtungen. Neben der Beratung bei gesundheitlichen Problemen durch Umwelteinflüsse ist das Referat auch für die Erfassung und Bewertung meldepflichtiger Krankheiten (Infektionen): Umgebungsuntersuchungen, das Einleitung und Durchführung antiepidemischer Maßnahmen, Tuberkuloseüberwachung und  -bekämpfung, Belehrung und Bescheinigung nach §§ 42, 43 Infektionsschutzgesetz (Beschäftigte bei Herstellung und Inverkehrbringen von Lebensmitteln) zuständig.